...
На этом же экране есть переключатель "Не создавать новые профили при синхронизации". При его активации, во время синхронизации в Логусе не будут создаваться новые профили компаний из Битрикс. Уже существующие компании в Логусе синхронизируются с компаниями из Битрикс, основываясь на совпадении имён.
Подробное описание полей конфигурационного файла в статье Описание полей конфигурационного файла.