Профили компаний синхронизируются в двустороннем порядке между Логусом и Битрикс.
Синхронизируются следующие поля:

Синхронизацию компаний можно выключить в конфиге параметром IsCompaniesSynchronize, установив значение False.
В Логусе в Администрировании-Bitrix можно загрузить все компании из Битрикс как профили компаний в Логус. На этом же экране есть переключатель "Не создавать новые профили при синхронизации". При его активации, во время синхронизации в Логусе не будут создаваться новые профили компаний из Битрикс. Уже существующие компании в Логусе синхронизируются с компаниями из Битрикс, основываясь на совпадении имён.